长崎大学是位于长崎县长崎市的日本国立大学、旧六所医科官立大学之一。1949年由长崎医科大学、长崎医科大学附属药学专门部、长崎经济专门学校(二战前为长崎高等商业学校)、长崎师范学校、长崎青年师范学校、长崎高等学校合并而成。日本历史最悠久的公立医学校，医学部前身长崎医科大学在1945年8月9日受到原子弹轰炸。
长崎大学前身始于1857年荷兰海军军医PompevonMeerdervoort开办的医学传习所。1901年设立长崎医学专门学校，1923年成为长崎医科大学的同时，县立长崎医院被国家托付给长崎医科大学而成为了它的附属医院。另外，与医科大学同时设立的还有附属医学专门部以及附属药学专门部，此外，还开设了附属医院妇产护士培训所。
1874年，明治政府设立小学教则讲习所，开始了师范教育。此后，1878年演变为长崎县师范学校，到1943年成为长崎师范学校。1905年设立的长崎高等商业学校到1944年成为长崎经济专门学校。药学部始于1890年设立的第五高等中学医学部药学科，1923年成为长崎医科大学的附属药学专门部。水产学部则始于1921年在长崎师范学校里设立的长崎县实业补习学校教员培训所，到1944年成为长崎青年师范学校。
1949年5月31日，根据国立学校设置法，包括旧制的长崎医科大学、长崎医科大学附属药学专门部、长崎经济专门学校、长崎师范学校、长崎青年师范学校、长崎高等学校在内，成立了新制大学，包括学艺学部(现教育学部)、经济学部、医学部、药学部、水产学部5个学部，以及附属图书馆、风土病研究所（现热带医学研究所），学艺学部附属小学、中学、幼儿园和附属于医学部的医院和护士培训设施。此后，分别于1966年开设工学部，1979年开设齿学部，1997年开设环境科学部。
研究生院则分别于1955年开设医学研究科，1965年开设药学研究科，1970年开设水产科学研究科（现生产科学研究科博士前期课程），1976年开设工学研究科（现生产科学研究科博士前期课程），1986年开设齿学研究科。1988年以工学部和水产学部为母体开设海洋生产科学研究科（现生产科学研究科博士后期课程）。1994年开设教育学研究科，1995年开设经济学研究科，2002年开设环境科学研究科（现生产科学研究科博士前期课程）。另外，在2002年医学研究科、齿学研究科、药学研究科合并后设立了医齿药学综合研究科。
