首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，著名泌尿外科专家、两院院士，全国人大常委会原副委员长吴阶平教授为首任校长和终身名誉校长。现任党委书记李明教授，校长吕兆丰教授。
学校校本部设有基础医学院、公共卫生与家庭医学学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、继续教育学院及国际学院；学校拥有14所临床医学院（其中13所临床医学院是附属医院），包括宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）和康复医学院（中国康复研究中心），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有首都医科大学神经外科学院、首都医科大学眼科学院、首都医科大学耳鼻喉科学院3个专科学院以及30个专科学系。
学校和附属医院现有教职员工和医务人员22820人（校本部1552人，附属医院21268人）。 有院士6人，特聘院士7人，正高职称1196人，副高职称2351人。其中教授382人（校本部84人，附属医院298人）,副教授644人（校本部163人，附属医院481人）。现有全日制在校生8963人，其中研究生2158人，长学制学生1539人，本科生2881人，高职高专生2125人，留学生260人；成教学生5864人。学校学科专业齐全,学科力量雄厚,在基础和临床各专业拥有一大批具有很高造诣的专家学者。现有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科，2个北京市一级重点学科，8个北京市二级重点学科，2个北京市一级重点建设学科，12个北京市二级重点建设学科，1个省部重点实验室，1个省部共建重点实验室，4个北京市重点实验室；有41个博士学位授权点，78个硕士学位授权点和5个博士后科研流动站。除了法医学外，实现了生物医药学科硕士学位点一级学科的全覆盖。
校本部和附属医院总占地面积近104.5万平方米（其中校本部24.7万平方米,附属医院79.8万平方米）；总建筑面积170.7万平方米（校本部23.5万平方米，附属医院147.2万平方米）；固定资产总值97.6亿元（校本部9.5亿元，附属医院88.1亿元）；教学科研仪器设备总值9.3亿元（校本部5.2亿元，附属医院4.1亿元）；图书馆藏书105.8万册（校本部69.3万册，附属医院36.5万册）；住院病床13072张。学校开办的七年制专业中设有临床医学和口腔医学；本科专业中设有临床医学、基础医学、口腔医学、预防医学、药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、公共事业管理（卫生事业管理）、医学实验学、法学（卫生法学）、临床药学、医学检验、等16个专业。高职高专教育设有护理、医学检验技术、药学等14个专业。学校以培养高层次本科生与研究生为核心、以临床应用型人才为主，兼顾培养预防、康复、生物医学工程和医学基础各学科各层次人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。
学校具有较强的学术发展与科研实力，在校本部和附属医院拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室；建有高水平的国家级或市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、新医药北京市技术转移中心、首都卫生管理与政策研究基地、临床医学研究所、基础医学研究所、北京神经科学研究所、眼科研究所、老年病医疗研究中心、泌尿外科研究所、心肺血管医疗研究中心、疼痛生物医学研究所、卫生毒理检测中心、生物工程技术研究中心、中医肝病临床研究中心、临床病理中心、生殖医学研究中心和心血管疾病临床实验与社区干预中心等。近5年来，学校承担了国家“973”、“863”、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市自然基金，以及、、北京市科委、北京市教委等科研项目1303项，其中国家级科研项目491项，累计科研经费74377.37万元；获得各类各级奖励76项，其中国家最高科技奖1项，国家科技进步奖8项、北京市科学技术进步奖32项、高等学校科学技术奖11项、中华医学科技奖21项、何梁何利基金科学与技术进步奖2项，首届吴阶平医学奖1项；获得授权发明专利74项。神经生物学、细胞生物学、基础免疫学、医学图像处理、生物信息检测与处理、神经内科、神经外科、心脏内外科、肾移植、呼吸内科、消化内科、口腔颌面外科、眼科、耳鼻咽喉科、小儿血液病等领域在国内外享有较高的声誉。
学校有良好的教学科研辅助设施，其中有图书馆、信息与通讯中心、现代教育技术中心、实验动物科学部、医学实验与测试中心、学报编辑部、医学教育研究所等。
学校十分重视国际、国内交流与合作，先后与30多个国家和地区签订了友好交流合作协议，其中包括美国西北大学、匹兹堡大学、德州大学休斯顿医学院、纽约州立大学布法罗分校、加拿大多伦多大学、卡尔加里大学、澳大利亚昆士兰大学、新南威尔士大学、莫纳什大学、迪肯大学、瑞典卡罗琳斯卡大学、挪威奥斯陆大学、英国卡迪夫大学、香港大学、香港中文大学、台湾阳明大学等。先后接待美国、加拿大、英国、澳大利亚、法国、瑞典、日本、荷兰、意大利、德国、丹麦及台湾、香港和澳门等50多个国家和地区的专家学者和学生数百人来校进行学术交流和参观访问；近5年来，招收了来自31个国家的309名学历教育留学生，学历层次涵盖了本科、硕士、博士研究生。同时，学校积极选送教师、科研人员和管理干部出国进修，参加学术会议和考察访问。
全体首医人求真务实、齐心协力、自主创新、和谐发展，正在努力将首都医科大学建设成为立足首都、面向全国、走向世界，国内一流、国际知名的医科大学。