1.教师未将新教学观念应用于实践中
教师虽然对新课改进行了一系列的学习与交流，但由于受应试教育影响深厚，加上教师本身形成的教学习惯很难改变，教师有新观念，但在实际教学活动中却不能恰当地应用其中。因此，表现出了教师一边宣讲新的教学观念一边受着传统教学观念的束缚，这一问题在初中生物教师教学活动中普遍存在。
2.传统的教学模式仍占大部分生物课堂
目前，中考依然是衡量学生综合能力的标尺，教师教学内容更具有针对性。由于初中生物知识点烦琐，在课堂上教师多采用的是“教师讲、学生听”的教学模式，学生处于被动接受知识的状态，而教师则成为课堂的主体，这严重违背了新课改的要求。
3.单一的教学方法和手段也是生物课上普遍存在的问题之一
目前的初中生物课堂，教师除了对知识点的讲授以外，就是带领学生做相应的生物实验。整个课堂表现出来一种按部就班的状态，学生按照教师的思路学习，教师则安于现状。学生在这样的教学环境下也只能在教师的引导下进行学习，为中考积累知识，成为应付考试的工具。