菲律宾旅游业开始感受到其政府在黄岩岛问题上和中国对抗带来的阵痛。据《菲律宾每日问询者报》13日报道，从11日起，菲旅游胜地长滩岛的4家酒店至少有65个房间被中国旅游团取消了预订。菲律宾航空公司被迫暂停从北京和上海机场飞往长滩岛的包机。而就在此前，菲旅游界官员强硬声称，中国仅是菲外国游客的第四大来源国，“中国取消旅游团的影响微不足道”，“要来菲旅游的中国游客肯定会来”。与此同时，菲政府在黄岩岛对峙问题上的立场依然强硬。据报道，菲外长德尔罗萨里奥11日向媒体表示，中菲已就黄岩岛事件重新展开外交对话，但菲方认为外交对话最多只会达成一种“临时协议”，并不会使争端得到最终解决。菲律宾“永远不会同意”中国对黄岩岛的要求。
据《菲律宾每日问询者报》12日报道，菲外长德尔罗萨里奥11日表示，中菲已就黄岩岛事件重新展开外交对话。他表示，尽管希望对话能够产生成果，但菲方认为，外交对话并不会使争端得到最终解决。菲律宾最终还将会寻求“全面的解决方案”，解决黄岩岛事件。对于中国要菲方船离开黄岩岛，德尔罗萨里奥声称，菲律宾“永远不会同意这些要求”。
菲政府的强硬立场给其国内经济带来的负面效应开始显现。菲律宾旅游局西米沙鄢群岛区的数据显示，11日至13日，其监控的4家酒店至少被中国旅游团退房65间。《菲律宾每日问询者报》13日称，这些房间大多为中国大型旅行社预订的三天两夜或四天三夜房间。由于中国游客暂停赴菲旅游，菲律宾航空公司也不得不暂停原来每周3次从中国上海和北京飞往长滩岛机场的旅游包机航班。长滩岛景区负责人海伦·卡塔巴斯表示，“我们希望这只是临时性的，黄岩岛争端将很快通过外交途径得以解决”。该地一家大型旅游接待公司董事长亨利称，取消旅游的中国游客约占15%—20%，受到冲击最大的是酒店和度假区，这些地方的中国游客占预订的60%。“对我们而言，这将意味着总收入的下降，但是我们不能责怪政府，只能更加努力工作，设法吸引其他国家的游客。”
菲律宾ABS—CBN新闻网12日报道称，菲律宾国家旅游局统计数据显示，今年1—3月，到菲律宾旅游的中国游客达96455人，较去年同期增加8.4%。多位旅游业负责人表示，尽管多项报道显示中国旅行社已经暂停组织赴菲律宾旅游，但是仍有中国个人游客继续飞往菲律宾。文章引述一名旅游业负责人杰克·库拉的话说：“不会改变计划的中国游客一定会来菲律宾旅游”。他还认为，中国旅行社取消赴菲旅游的决定只是对中菲黄岩岛对峙事件的“表态”，“在(导致8名中国香港公民死亡的)马尼拉隆塔广场人质事件发生后，中国旅行社也曾宣称禁止赴菲旅游。”不过，库拉也呼吁菲律宾政府停止各种“报复行为”，因为菲律宾付不起这样的代价，拖久了只会给菲律宾带来更大的经济损失。
不过，也有嘴硬的。《菲律宾每日问询者报》11日还引述菲旅行社联合会主席艾琳·克莱门特的话称，中国暂停菲律宾旅游的影响“可以忽略不计”，“中国游客数量虽然正在呈两位数增长，但全局是，中国只是菲律宾众多目标市场之一。我们最重要的三个市场依然是韩国、美国和日本”。克莱门特称，今年第一个季度，来菲旅游的外国游客为115万人，“中国游客的缺失不会让菲律宾脱离今年吸引460万人次外国游客的目标计划”。
而另一个被认为成为黄岩岛对峙“炮灰”的是菲律宾香蕉，菲总统三世的发言人华尔特13日称，正在同中国协商菲大量香蕉出口中国被滞留的问题，“鉴于我们的香蕉通过了严格的各项日本标准，我们有信心认为，菲香蕉出口中国能够得到解决。”该发言人还称，香蕉问题只是“问题”，和已持续一个多月的黄岩岛对峙没有直接联系，同时欢迎中国军方“没有备战南海”的表态。法新社13日称，香蕉是菲律宾仅次于椰果的第二大农作物，中国是菲律宾香蕉出口的第二大市场，仅次于日本。