1935年，复旦大学重庆校友创办重庆复旦中学。1937年，复旦大学内迁重庆北碚夏坝，设重庆复旦中学为复旦大学附属中学。1954年，学校更名为重庆第十二中学校。1995年，重庆第十二中学恢复“重庆复旦中学”校名。2004年，重庆复旦中学、重庆第五十三中学合并，成立新的重庆复旦中学。2005年，学校成为市级重点中学。
学校始终秉承“博学而笃志，切问而近思”的校训，为国家培养了大批优秀人才。二十一世纪初，学校依据孙中山先生为复旦学子题写的“努力前程”的寄语，结合学校的办学实际，确立了“努力前程，成功成人”的办学理念。在这一理念的指引下，学校逐渐形成了自身的办学特色。一是因材施教，分层教育。根据学生的不同基础，制定不同的目标，采用不同的方法，重点“培养习惯，教给方法” ，促进每个学生进步；二是成功教育，发展个性。学校通过评选“复旦之星”，重视学生的个性发展。“复旦之星”分为争光之星、学习之星、体育之星、艺术之星、文明礼仪之星、劳动之星、管理之星、科技创新之星、进步之星，只要在某一方面有突出的表现，均可评选“复旦之星”。
近年来，通过全体师生的努力，学校取得了跨越式的发展。分层教育实验先后被《》《中国教育报》等媒体报道；科技活动成果多次获全国奖，并代表中国参加了“亚太经合组织青年科技节”；学生的发明获得多项国家专利；学生参加各种学科竞赛，获全国奖项越来越多；考入北京大学、复旦大学等全国名校的学生大幅增加……
学校先后荣获“重庆市中小学信息技术教育示范学校”、“重庆市教育科学研究院教育科研实践基地”、“‘联合国教科文组织研究项目创新学习研究与实验’实验学校”、“重庆市文明礼仪示范学校”等称号。
