“七.七”事变后，天津南开各校被日机炸为废墟，部分师生内卷来渝，1938年南渝中学更名为重庆私立南开中学，并成为当时华西的著名学府。1945年抗日战争胜利，天津南开各校相继复校，至此，南开大、中、小学遂成体系。
重庆南开中学办学六十载，成绩卓著，闻名海内外。早在私立时期，即以校园美，办学水平高闻名于世，成为陪都的模范学校。
1942年10月美国总统特使威尔基来华，特到学校参观，曾倍加称赞。校友周恩来经常莅校，看望师长，并多次在学校午晴堂演讲，宣传革命真理。1945年10月国共和谈中，周恩来曾陪同、到校拜望张伯苓和柳亚子先生。
新中国成立后，党和政府十分重视这所历史名校，1953年即定为重庆市重点中学。1957年周总理访问亚、非、拉11国归来，与副总理到校视察。1960年被评为全国百面红旗，傅震垣校长代表学校出席了全国教育系统群英会。南开在五、六十年代教育质量一直名列省、市榜首。
“”时期，学校曾受到极大冲击和破坏，师资流失，质量下降，今人痛惜。“”结束后，学校致力于恢复和发展，取得重大进展。从1982年起相继被评为市级和省级文明单位，多次受到省、市表彰，办学水平重新?入全国一流水平。