砀山二中肇始于外国神父创办的教会学校私立晨光中学；1951年3月由县人民政府接管，改为公办，更名为“皖北区砀山晨光中学”；1951年9月8日经皖北区人民行政公署文教处批准为“皖北区砀山第二初级中学”；1958年8月，更名为“砀山初级中学”；1963年8月并入砀山中学；1968年9月复办；1969年下迁薛楼农场，改称“砀山五·七技校”；1970年2月在现址复办“砀山县城关初中”；1976年更名为砀山西关中学；1978年8月恢复“砀山第二中学”校名；1994年晋升为宿县地区重点中学，2002年通过宿州市市级示范高中评估验收。