厦门市第五中学起源于明、清时期的义学和玉屏书院，1906年改称厦门中学堂。学校先后易名为思明中学、省立十三中学、省立厦门中学。解放后，人民政府接管学校，省中、市中合并为厦门第一中学。随着人民教育事业的迅速发展，1955年秋，将厦门一中师生一分为二，在玉屏书院原址定名为厦门第五中学至今。