三明九中始建于1959年，前身是三明化工总厂中学，1998年6月从企业剥离，由三明市人民政府接管，成为三明市区第三所市教育局直属的高级中学。2001年9月，被省教育厅确认为省二级达标中学；2006年4月被省教育厅确认为省一级达标中学。