学校创建于1906年，迄今已有百年历史，前身是“湖北女子师范学堂”，20世纪60年代改为男女合校，更名为“武汉市第三十九中学”，比照重点高中，面向全市招收男女应届初中毕业生。
学校坐落在文化发达的武昌区中心，毗邻首义广场，与黄鹤楼隔路相望，周边有辛亥革命纪念馆、湖北省总工会、中南财经政法大学、湖北中医学院南校区等，具有浓厚的文化氛围。学校占地面积42000平方米，现有教学楼、办公楼、图书楼、艺术楼、学生食堂各一幢，内配体育馆、微机室、语音室、理化生实验室、体音美活动室、形体室、艺术厅等现代化的教学设施。校园里，有百年银杏，参天香樟，苍松翠柏，葡萄枇杷。鸟语花香，春华秋实；亭台廊榭，掩映其间，被誉为“花园式的学校”，是青少年读书求学的理想场所。
学校师资力量雄厚，142名教职工中，有省、市、区学科带头人8人，研究生学历33人，高级教师64人，市、区优秀青年教师10人，区级教学能手9人。
历史上，学校曾为国家培养了一大批优秀人才，张文秋（毛主席的亲家）、张茜、聂华苓、李豪、吴晓恒等都曾在这里求学。今天的三十九中不断探索教育改革和发展新路，针对学生特点，提出崭新的办学思想，教学质量全面提高，成为省内乃至国内的知名学校。近三年高考均大幅度超额完成区教育局下达的三条线升学目标，升学率超过97%，艺术班本科上线率超过98%，学校因此连年获得武昌区教学质量一等奖，2007年高考以重点200%、本科223%、专科197%的保优率又一次全面超额完成上级下达的教学工作目标。
学校一方面对学生进行严格、科学的管理，同时，又为学生创造宽松的学习环境，学生课余生活丰富多彩，校园内学生社团蓬勃发展，各种活动让学生展现才华，一年一度的艺术节，精彩纷呈，令人心旷神怡，美不胜收。在这样的氛围中，学生的综合素质得到了全面提高。
武汉市第三十九中学永不满足于现状，目前，正竭力打造武昌区南片优质高中品牌，研究学生特点，探索教学方法，挖掘教学潜能，全面提高学生素质，以期为高一级学校输送更多的合格新生，为国家做出新的贡献。