厦门市马巷中学创办于1985年8月，旧校区地处闽南文明古镇——马巷镇区，占地只27亩。校名为“福建省同安马巷中学”， 93年5月改名为“福建省同安第十五中学”，97年5月改名为“厦门市同安第十五中学”，98年7月经厦门市人民政府批准升格为职业高中兼办初中的学校，02年6月根据上级的统一要求改职业高中为职业中专，同年9月经厦门市人民政府批准更名为“厦门市马巷中学”。 06年8月经批准，初中职分离为，初中名为：“厦门市马巷中学”。