南京九中坐落于长江路碑亭巷51号，这是一块蕴含着深厚文化的土地。据考古证实，这里是六朝宫殿遗址，千年文化深埋地下，自然会钟灵毓秀；《红楼梦》作者曹雪芹的显赫世家，也在这里留下了钟鸣鼎食的胜迹，金陵官邸的玉兰今日依然吐露芬芳；近代我党革命家、理论家同志曾在此求学；如今这块宝地又是南京市重点打造的文化一条街。
1903年马相伯先生创办上海震旦学院，1925年在南京创办了“震旦大学南京预科学校”,即南京九中的前身,其办学方针是：”广延通儒培养译才 崇尚科学 注重文艺 不讲教理”, 希望在人才培养上融合中西、贯通文理,在注重通识教育的基础上为国家培养翻译人才。学校虽然先后四易校名，但在这方热土上，莘莘学子如饥似渴地汲取中西文化的营养，描绘着修齐治平的古老梦想，憧憬着文明富强的美好未来。九中人艰苦奋斗，薪火相传，在南京教育的史册上书写着光辉的篇章。
新时期的九中秉承名校的光荣传统，忠诚于人民的教育事业，坚持办学方向，全面贯彻党的教育方针，大力建设“勤奋求实，团结进取”的优良校风。学校深厚的底蕴，长期的教育实践，形成了“博雅尚美”的九中文化。“博雅”源自中国传统文化，即广博大雅、渊博雅正、学识渊博、品行端正。古希腊也倡导博雅教育，旨在培养具有广博知识和优雅气质的人，让学生摆脱庸俗、唤醒卓异。近些年来，学校对这种文化进行了概括提炼，在新的教育环境下对“博雅教育”继承与发展，将“新博雅教育”定为学校的办学理念。“新博雅教育”是一种根植于中国传统文化之土壤、吸取西方博雅教育之精髓、顺应时代发展之要求的“全新的素质教育（体系）”，旨在培养“广见识、雅气质、会思想的人”。新博雅教育认为：对学习的爱好、批判性（创造性）思维的能力、宽广的视野、高雅的气质、强烈的社会责任感和有效交际的能力等素质在学生的一生中要比某一学科的知识深度更有价值，这些素质对帮助学生今后的继续成长、学习，以及他们适应社会和经济状况的变化尤为重要；新博雅教育认为人的全部的尊严就在于思想，知识是思维之本，思维是知识之魂；新博雅教育认为一个人的真正魅力主要在于特有的气质，这是一种内在的人格魅力，高雅的气质有助于成就辉煌的人生，高雅气质与崇高理想、高尚的品德、渊博的文化密不可分，气质是可以培养的。在“新博雅教育”办学理念的指导下，学校形成了以下办学文化：
1、治校方略：文化立校、科研兴校、人才强校、以德荣校
2、共同愿景：让新博雅教育成就每一位师生
3、核心价值观：人人有潜能，唤醒潜能，发展潜能是我们的使命
4、校训：博雅尚美
5、校风：勤奋求实，团结进取
6、学风：严 勤 专 恒
7、教风：严 实 活
8、工作作风：勤学习，善思考，常深入，讲实效
9、九中学生特征：人格健全 气质高雅 全面发展 特长发展
10、培养目标：培养会思想的人
11、九中精神：勇于争先的气魄 勤于实干的作风 善于思考的品质 乐于奉献的境界。
南京市第九中学将坚持高位发展、特色发展，使学校成为在国内外具有一定影响力的知名高中。