2000年，由于厂校剥离，原513厂子弟学校与红光中学合并。
2002年—2004年，区教育布局调整，十八中初中部与红光中学合并，沿用南京市第十八中学校名。
学校在2003年底，就通过了省示范初中的验收，先后被评为南京市示范学校、南京市德育先进学校、南京市优秀家长学校、南京市基础教育课程改革实验研究基地、南京市示范图书馆、南京市示范实验室、南京市优秀心理咨询室、南京市模范职工之家、南京市民主法治先进单位、南京市优秀教科室。
学校现有十二个教学班，为南京市小班化教学实验学校。2009年，开展小班化、住宿制改革，是是秦淮区义务教育阶段首家进行寄宿制的学校。
学校占地面积为9822平方米，建筑面积为9633平方米。教育教学设施齐全，满足初中教育教学需要。
学校传承与光大“敬业、精业”精神，发扬“团结、勤奋、求实、进取”作风，实施精品战略，逐步发展为江苏省示范初中。如今“小班化教学”、“住宿制管理”已经成为这所学校的新亮点，受到了社会的广泛关注与好评。学校一贯倡导进步和发展的绿色教育理念，强调让每一个师生拥有一个进步和发展的基础，人人进步，个个发展。
核心理念：让学生的希望在进步中发展
生命之美在进步中彰显，生命之力在发展中张扬。学校倡导“绿色文明教育”，重视师生生命质量的展现和温馨和谐氛围的营造，是师生体验生命的珍贵，展现进步的魅力，绽放发展的光彩。
学校形象定位：精品型绿色教育示范学校
学校愿景：弘扬绿色教育文化的秦淮名校
教育理念：让你进步，让你发展
办学策略：构建和谐发展体系，铸造绿色教育品牌
校风：团结、勤奋、求实、进取
教风：敬业、精业
学风：守纪、勤学、友爱、向上