学校实行董事会领导的校长负责制，金陵中学邹正校长任董事长，丁强任校长，王次伍担任党总支书记并兼任副校长，丛一冰任常务副校长，宋辉任副校长，分管教学工作，吴国锋任行政副校长，王敬怀任副校长，分管德育工作。学校拥有一支师德高尚、经验丰富、业务精通的教师队伍，其中特级教师占2%，高级教师和学科带头人占33%，受地市级以上表彰的教师占63%，35—45岁的中青年教师占57%，常年聘请外籍教师担任英语口语教学。
学校以“为一生奠基”为校训，以“既对学生的现在负责，又对学生的将来负责”为办学理念，坚持“高品位、研究型、现代化、国际化”的办学目标和“基础合理、素质全面、个性鲜明”的培养目标，教学上遵循“小班化、层次化、个性化、个别化”的原则，在夯实基础、面向全体的同时，对优秀生进行拔尖辅导，对学习有困难的学生进行个别化辅导。学校还开设绘画、文学、剧社、航模、机器人等15个课外社团，力求为在校的每一个学生的健康成长和全面发展提供尽可能大的空间。学校依托金陵中学百年教育的品牌，倡导人文关怀，注重人文素养，追求科学精神，以体现自然美、展现和谐美、凸现人文美、追求精神美为文化建设理念，建设“文（文化，校园浓厚的知识文化氛围）、雅（雅致，指学生语言文明和行为规范）、序（有序，指遵规守纪）、活（活跃，指校园生活充满青春活力）”的校园文化，用心营造个体成长和生命发展的良好环境，充分发挥校园文化的育人功能，全面建设一个健康向上、丰富多彩的和谐校园。
百年的文化积淀、浓郁的人文环境、优秀的教师群体、科学的管理模式、先进的教育理念、现代化的办学设施，使学校在办学四年的时间内赢得长足的进步和良好的声誉。2006年首届高考本科上线率突破50%，推进率在南京市名列前茅；2006年首届中考600分以上超过50%，均分589.8分，稳居南京市前5名。2007年高考，168人上线，2007年中考，黄欣同以704分（不含任何加分）的成绩勇夺南京市中考状元桂冠，680分以上学生139人，遥居南京市第一。2008年高考，学校共292名学生参考，233人达本一本二线，达线率超过80%。其中董昀同学以392分（不含附加分）夺得南京市高考文科状元。学校荣获2008年南京市“高中教学绩效评估综合奖”和“高考质量推进奖”两项大奖。在南京市历次调研测试中，初中年级稳居全市最前列，高三年级紧随市属名校之后。学校有500多名学生在各级各类比赛中获奖，发表作品100多篇，教师发表或获奖论文100余篇。2006年首届高三综合考试一次性通过率为99.7%，首次高二信息技术省级考试一次性合格率为99%。学校的文学社刊《精灵》一创刊，就震动中学生文坛，胡岳同学的作品得到著名作家肖复兴点评，称赞他“小荷初露，出手不凡”。学校被评为“中央教科所华教远程教育示范学校”、“江苏省第四批科普教育基地”、“江苏省书法特色学校”、“南京市中小学教师培训基地”。新加坡长访问我校时称“金陵中学河西分校和新加坡最好的中学在办学理念、办学条件、办学水平等方面在一个层次上”。委员、中组部部长、江苏原省委书记来校调研工作时称“河西模式是一个很好的范例。”江苏省、南京原市委书记罗志军赞誉我校“不仅是南京教育的品牌，而且是南京城市的品牌。” 学校曾多次接待国家和省市领导的访问，国内200多个教育机构和学校曾慕名来校参观访问，中国科学院院士报告团来我校做科普报告，副部长陈小娅女士曾深入我校调研工作，全国校长江浙名校考察团、全国中小学安全管理培训班曾来我校考察学习，与英国、美国、法国、韩国、香港等学校建立了良好校际交流和合作。 家长在网上留言道，“花园式的学校，科学的管理，踏踏实实的教职员工，一丝不苟的工作态度，以校为家的人们，爱生如子的人们，孩子们在贵校我们称心，我们放心！学校作为基础教育的唯一代表参加2005年江苏省教育工作会议并作经验介绍。