巴蜀学校创办于1933年，创建人乃原四川省主席、爱国将领王缵绪，它坐落于枇杷山麓、嘉陵江畔的张家花园，原是一所集幼稚园、小学、初中和高中于一体的闻名遐迩的私立学校。创建初期江苏教育家周勖成由黄炎培亲荐出任首任校长，卢作孚、康心如、何鲁等任校董，定下了“公正诚朴”校训,坚持“儿童本位”教育原则，“手脑并用”教育目标，“教养兼施”教育模式，1937年主席林森亲题“成绩斐然”匾额，指定为“优良中学”。 1940年9月29日，周恩来站在学校大操场，作着名的《九问》演讲，听众席地而坐，达三千多人；11月10日，黄炎培约请马寅初作《战争经济问题》报告；老舍、郭沫若、邹韬奋、田汉、胡风、、等在校园举办了数十场公开抗日演讲；华北游击队司令赵侗，曾在学校讲演报告华北游击队与日寇作战的情况；茅盾、老舍、戈宝权、周而复、郭沫若、阳翰生、夏衍、何其芳、刘白羽、臧克家、姚雪垠、沙汀、艾芜、艾青等等都多次到校参加中华全国文艺界抗敌协会的会议、活动。巴蜀校园，其时成为了抗日宣传活动的中心之一。着名教育家叶圣陶任国文教员，他作词的校歌传唱至今。
1950年新中国解放后，由西南军政委员会接办，成为西南局干部子弟学校，同志亲口指示“一切不动，只许办好，不许办坏”。1954年西南大区撤销，学校交重庆教育局直管；1955年8月，巴蜀学校一分为三，中学部改为重庆市第41中学校。1958年学校成为重庆市中学界唯一的“重庆市百面红旗”单位。1978年，学校被确定为四川省首批重点中学。1991年恢复更名为重庆市巴蜀中学校。
重庆巴蜀中学是重庆市教委直属重点中学，北京大学首批校长实名推荐制中学，清华大学首批自主选拔“新百年领军计划”推荐资格中学，连续五届入选中国百强中学，2011年入选美国马里兰大学评选的中国高中五十强（第23名），2013年入围《中国顶级中学》名录，全国现代教育技术实验学校，汉语国际推广中小学基地，全国国际象棋高水平后备人才培训基地，国家体育传统项目（田径项目）示范基地，CCTV“最佳雇主”，中央人民广播电台“全国最具幸福感的学校”和“全国校园文化特色奖”,全国德育先进学校，全国艺术教育先进学校，全国奥林匹克教育示范学校，信息化试点学校，全国少年儿童科学体验活动优秀示范学校，全国青少年科技创新大赛优秀基层组织单位，全国中小学创新实践活动优秀组织单位，重庆市文明单位，影响重庆教育十大品牌中学，重庆市教育科研实验基地，重庆市民主管理示范学校。
八十年来，巴蜀中学人才辈出，群星璀璨。学校为国家培养了六万多名学生，其中不乏政治家、军事家、科学家、文学家、艺术家和企业家：全国副委员长陈昌智，原副总理，全国政协原副主席阎明复，人事部原副部长戴光前，国家原局长邹竞蒙，国家关工委原副主任朱琳，重庆市原副主任卢晓钟，重庆市政协原副主席夏培度，四川省原副主任陶曦晦，昆明原市委书记贺兴洲，两院院士李朝义、吴天一、汪应洛、张焕乔、张存浩，着名经济学家吴敬琏，原八一电影制片厂厂长王晓棠（女）将军，着名物理学家刘寄星、冯登泰，着名医学专家刘光耀，着名歌唱家龚七妹、吴国松、匡亚新，着名舞蹈家陈泽美、洪文莉，民生集团董事长卢国纪，电脑报社长陈宗周，国学名人李里，江姐烈士的儿子彭云博士，世界跳伞冠军刘德欣，国际象棋冠军黄茜、徐媛媛，湖南卫视着名主持人杨乐乐，中央电视台主持人曾湉……2003年春，原、的夫人校友回访了母校；是年秋，原全国委员长、总理及夫人朱琳校友亲切接见了以傅唯泉为首的校长班子；2012年春，全国副委员长陈昌智校友回访母校，他们对巴蜀中学给予了高度评价，极大鼓舞了巴蜀师生奋勇向前。