河海大学设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、计算机与信息学院、计算机与信息学院(常州)、机电工程学院、力学与材料学院、地球科学与工程学院、理学院、商学院、商学院(常州)、公共管理学院、法学院、外国语学院、体育系等专业院系和大禹学院(本科拔尖人才培养学院)。学校拥有1个一级学科国家重点学科(水利工程),7个二级学科国家重点学科,4个一级学科省级重点学科,9个二级学科省级重点学科;10个国家级以及省部级重点实验室,7个国家级以及省部级工程研究中心;9个博士后流动站;12个一级学科博士点,57个二级学科博士点;34个一级学科硕士点,185个二级学科硕士点;11种硕士专业学位类别,其中工程硕士专业学位涉及18个工程领域;52个本科专业。水利工程、土木工程两学科综合实力处于全国领先位置,尤其是水利工程学科总体实力最强,支撑及相关学科门类较多,水利及支撑学科人才梯队的综合实力处于国内一流地位。2011年底,在校研究生13072名,本科生19078名。
建校以来,共为社会培养和输送了24,379名毕业生,在毕业生质量反馈调查中,用人单位对我校毕业生的满意率在90%以上,本科毕业生一次就业率连续几年位于省属高校前列。毕业生中考取博士、硕士研究生600余人。学校主办的《牡丹江师范学院学报》(自然科学版)和《牡丹江师范学院学报》(社会科学版)国内外公开发行。