新疆大学设有研究生院,马克思主义学院、人文学院、新闻与传播学院、外国语学院、法学院、经济与管理学院、数学与系统科学学院、化学化工学院、生命科学与技术学院、资源与环境科学学院、信息科学与工程学院、建筑工程学院、机械工程学院、电气工程学院、旅游学院、艺术设计学院、物理科学技术学院、与公共管理学院、语言学院、地质与勘查工程学院、软件学院、科学技术学院(独立学院)、成人教育学院(高等职业技术学院)等23个学院,1个独立学院,1个教学研究部,4个教学实践中心,8个研究所,1个干旱半干旱可持续发展国际研究中心。