| 基础医学院 | ||
| 生理学与病理生理学系 | 病理学系 | 医学遗传学系 |
| 生物化学与分子生物学系 | 病原生物学系 | 医学信息学系 |
| 解剖学与组织胚胎学系 | 生物物理学系 | 中西医结合教研室 |
| 药理学系 | 神经生物学系 | 心血管所 |
| 免疫学系 | 细胞生物学系 | 医学实验教学中心 |
| 北京大学系统生物医学研究所 | ||
| 药学院 | ||
| 天然药物与仿生药物国家重点实验室 | 天然药物学系 | 药事管理与临床药学系 |
| 化学生物学系 | 药剂学系 | 教学实验中心 |
| 药物化学系 | 分子与细胞药理学系 | 应用药物研究所 |
| 药学实验教学中心 | ||
| 公共卫生学院 | ||
| 流行病与卫生统计学系 | 毒理学系 | 预防医学实验教学中心 |
| 卫生政策与管理学系 | 社会医学与健康教育学系 | 预防与控制中心 |
| 劳动卫生与环境卫生学系 | 中心实验室 | 营养与保健品评价中心 |
| 营养与食品卫生学系 | 北京大学儿童青少年卫生研究所 | 预防医学培训部 |
| 妇女与儿童青少年卫生学系 | 北京大学循证医学中心 | |
| 护理学院 | ||
| 内外科护理学教研室 | 护理学基础教研室 | 社区护理学教研室 |
| 妇儿科护理学教研室 | 护理学人文教研室 | |
| 医学人文研究院／公共教学部 | ||
| 哲学与社会科学系 | 应用语言学系 | 北京大学医史学研究中心 |
| 医学人文学系 | 体育学系 | 北京大学临床心理中心 |
| 医用理学系 | 北京大学性学研究中心 |
