学校设有汽车工程系、土木工程系、交通工程系、工程机械系、信息工程系、管理系、经济系、外语系、人文科学系、数理系、北方国际学院、海运学院、成人教育学院、职业技术学院等14个院系和社会科学教学部、体育教学部、现代教育中心等教学单位。开设车辆工程、交通运输、交通工程、物流管理、土木工程、测绘工程、轮机工程、航海技术、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、英语、金融学、市场营销等69个本专科专业，专业设置涵盖工、理、管、经、法、文6大学科门类。
汽车工程系
汽车工程系现有交通运输、车辆工程、汽车服务工程、热能与动力工程、汽车运用技术等本专科专业，下设交通运输、车辆工程、汽车服务工程、热能与动力工程4个教研室和1个机动车实验中心，另设1个汽车技术研究所。目前，该系共有本、专科生2281人，专、兼职教职工54人，其中教授11人，副教授（含其他高职人员）35人，博士10人，硕士29人（含在读），副高以上职称教师和硕士以上学历教师分别占专任教师总数的85%和72%。教师中有部级重点学科学术带头人1名，部级跨世纪学术带头人1名，部级青年科技英才1名，省级中青年学术骨干1名，4人享受政府特殊津贴，另有7名省部级优秀教师。汽车工程系的交通运输教研室荣获“省级教学团队”称号，同时也是我校首个获此殊荣的教学团队。
该系的交通运输专业2006年被评为山东省特色专业，2008年被国家、财政部批准为“第一类特色专业建设点”，是我校获得的第一项国家级教学质量与教学改革工程建设项目。“汽车运用技术省级重点实验室”2008年顺利通过山东省教育厅专家组的评审，被评为“十一五”山东省重点实验室，实现我校省级重点实验室零的突破，是我校实验平台建设的标志性成果。
汽车工程系所属的机动车实验中心，除承担日常实验教学、科研等任务外，还可对外进行汽车和发动机产品质量检验、鉴定等工作。该中心于1994年3月通过国家技术监督局组织的国家级计量认证，具有面向全国开展汽车和汽车发动机性能与参数检测工作的资格，设有专门的汽车博物馆。该中心现有各种实验、测试设备近百台（套），其中通过国家计量认证的有64台（套），大中型实物教具（含陈列用车辆在内）600多台（套），试验用车8辆。中心设有汽车构造实验室（含汽车构造模型室）、汽车检测诊断实验室、汽车电气设备实验室、汽车性能测试实验室、发动机性能测试实验室、汽车燃润料实验室以及日本丰田汽车公司赠送的TEP教室等，其中的汽车检测诊断实验室和汽车构造实验室是重点建设实验室。
土木工程系
土木工程系始建于1958年。目前设有本科专业6个，即土木工程专业（分道路工程、桥梁工程、试验与检测技术、涉外工程4个专业方向）、测绘工程专业、工程管理专业（分工程造价管理、施工安全管理两个方向）、地理信息系统专业、材料科学与工程专业、港口航道与海岸工程专业；另有1个专科专业，即道路桥梁工程技术专业。其中试验与检测技术方向，1998年被原国家教委批准为全国高等学校第四批专业教学改革试点。道路与铁道工程学科是山东省重点学科。土木工程专业是山东省特色专业。
目前该系在校学生约2800余人。全系设有“桥梁结构、道路工程、测绘工程、地理信息、工程管理、实验检测、岩土与港航、材料科学”8个教研室，共有教师102人，其中，国家工程院院士1人，教授7人，副教授25人，具有博士学位的10人，在读博士12人。另外，还有来自生产单位和国内外高校的外聘教授10人。在教师队伍中，通过多年的工程实践锻炼，有三分之二教师已成为既具有丰富的工程实际经验，又有较强理论基础的“双师型”教师。“交通土建教学队伍”被评为“省级优秀教学团队”。
近年来，全系教师在国家和省级各个种刊物上发表学术论文400余篇；主编出版教材15本；省级“精品课程”1门、校级5门；完成省、部级的重要科研项目10余项。获得省部级教科研成果奖6项。
该系拥有的土木工程实验中心，具有乙级资质；是山东省普通高校实验教学示范中心。中心设有建材、土工、路面、桥梁、测量等18几个实验室，使用面积约有9000平方米，设备总值约3000多万元，拥有多台国内外先进的仪器和设备。其中，路面结构实验室、桥梁检测与加固实验室、港口航道实验室被评为“行业特色实验室”。
该系还设有公路环境与工程实验研究中心，路桥设计研究院、交通材料研究所、岩土与基础工程研究所、桥梁检测与加固研究所。土木工程系与山东省路桥集团有限公司、山东省交通规划设计院、山东省交通科研所、各地市公路局等建设单位建立了“产、学、研”合作基地，为教学和科研提供了有力保障。
学生毕业后，主要去交通、公路、市政、建筑、水利、铁路等部门从事规划、设计、施工、监理、养护、管理等工作。近年来，该系每年有30%以上的毕业生参加研究生考试，录取率达到50%以上。
该系在完成教学和科研任务的前提下，面向工程一线，服务于社会，积极参与地方公路建设，先后参与了济青高速公路、济聊高速公路、104、220、309等多条公路的设计或监理，承担了多座桥梁的试验与检测任务，完成了多个市县公路网规划。
工程机械系
工程机械系成立于1958年，设有机械设计制造及其自动化、船舶与海洋工程、交通建设与装备、材料成型与控制工程、轮机工程、航海技术等本科专业，有工程机械运用与维护专科专业；设有工程机械、机械电子技术、机械设计与制造、机械制图、材料成型与控制、流体传动与控制、船舶与海洋工程等7个教研室；设有机械基础实验中心、工程机械实验中心、先进制造技术实验中心、船舶工程实验室、材料成型实验室等校内实践教学基地；有全日制学生2000余人。
该系有教职工 56人，其中教授9人，副教授20人，博士、硕士39人，形成了一支结构合理、严谨务实、富有创新精神和创造能力的师资队伍。多名教师赴德国、英国、日本、韩国、澳大利亚、俄罗斯、南非、美国等国家考察、留学和研修。
先进制造技术实验中心、机械基础实验中心和工程机械实验中心是校内重点实践教学基地，工程机械实验中心的电液控制实验室为重点建设实验室，可保证机械类相关专业的实践教学及科研工作。
多年来，该系教师主持和参与了20多项新产品设计与开发及其它科研项目工作，且多项获省部级新产品开发和科技进步奖；主编教材与科技书籍20多部；撰写专业学术论文300余篇。
该系学生素质教育成效显著，创立了“工程机械开拓者”协会等各类学生社团11个，学生在“全国大学生三维数字建模大赛”、“山东省大学生机电产品创新设计竞赛”等活动中多次获奖，该系历年就业率、考研率均名列全校前茅。
该系已为国家交通建设事业培养了4000多名工程技术人员和管理干部，为祖国的经济发展和交通建设做出了积极贡献。
交通与物流工程系简介
交通与物流工程系设有交通工程、物流工程、安全工程3个本科专业。现有教师45人，其中教授6人，副教授9人，其中博士（含博士研究生）8人、硕士31人，从政府主管部门、大中型企业和国内外大专院校聘请兼职和客座教授10余人，定期举办专题教学和学术讲座。该系与日本国神户商船大学、加拿大马尼托巴大学等国外院校建立了校际友好合作关系，定期互派教师交流和讲学。
该系始终坚持“产学研”相结合的教学思路，注重实践教学环节，与多家大中型企业建立长期合作关系，在校内建有交通与物流工程实验中心，下设交通工程实验室、物流工程实验室、交通安全实验室。该实验中心的设备资产已达2000万元，为培养专业人才提供良好的专业实践环境，学校已将交通与物流工程实验中心列为重点专业实验室。
近几年来，该系教师在交通规划、交通运输管理、交通安全技术、交通事故分析与再现、交通信息一体化研究、物流规划与管理、GIS应用、城市公共交通规划等方面取得了丰硕的科研和教学成果。
建系以来，该系共培养学生3800多名，主要工作在交通工程管理、交通运输管理、物流管理、地理信息工程、城市公共交通、交通设施建设、公路工程规划等行业和部门。
信息工程系
信息工程系成立于1995年，目前设有计算机科学与技术、电气工程及其自动化、电子信息工程、自动化、信息管理与信息系统5个本科专业，设有计算机基础教研室、计算机软件教研室、计算机应用教研室、电气工程及自动化教研室、电子信息工程教研室、自动化教研室、计算中心、电工电子实验中心，是山东省计算机协会的理事单位、山东省自动化协会的理事单位，中国嵌入式系统智能交通工程中心挂靠点。
该系师资力量雄厚，结构合理，现有教师70名，有教授、副教授20名，高级工程师3名，讲师21 名，实验师3名，80%以上的教师拥有硕士、博士学位。在校学生1500人，近10年来共培养毕业生近3000多人。
该系师资有较强的科研实力和良好的基础，拥有一批学术造诣较深、且在计算机工业控制、调速、电力系统自动化等领域内有一定影响的学术骨干。近几年来，先后承担、完成省、部级科研项目4项，重大横向科研课题“山东省高速公路监控及诱导系统” “交通物流管理信息系统”等5个，完成省级教研教改课题“应用型本科实践性环节的二元制研究”，发表学术论文200余篇，出版教材20多本。其中，山东省交通系统卫星地面站的研究、汽车质量轴载仪等获省部级科技进步奖。电工电子实验中心被列为与地方共建的实验室，评为“山东省高校省级一类实验室”、“山东交通学院先进实验室”、国家嵌入式系统工程中心。该系负责建设的“交通信息工程及控制”被列为校级重点学科。
目前，该系已与国内外多所知名高校、研究机构和企业开展了广泛的学术交流与合作，与丹麦奥胡斯大学学院、瑞典布罗期大学学院互派留学生，并聘请了日本大阪产业大学、奥胡斯大学学院的多名专家、教授为该系的客座教授，长年给学生直接上课。该系“面向应用、面向企业、面向外包、面向世界”，适时调整、修改教学计划，提高教学质量，在对日软件外包人才、船舶电气工程及自动化人才的培养方面走在山东省高校的前列，其本科人才培养模式受到山东省王军民副省长的表扬与推广，被国家网站列为服务外包培训基地、济南市服务外包培训基地。
该系还十分重视学生个性培养，素质培养活动十分活跃，教学质量不断提高， 2002年以来在各类大学生比赛中荣获一、二、三等奖，2007年学生在全国电子设计大赛中荣获全国决赛一等奖，毕业生提前一年被预定，甚至被日本国内企业招聘到日本工作，学生整体就业率达到80%以上。
管理系
管理系建于1984年，现有教职工42人，其中教授5人，副教授 10人；教师中具有博士学位4人，博士在读4人，硕士31人。获得省部级优秀教师1人，享受政府特殊津贴1人。另外还有国内外外聘兼职教授6人。管理系在20多年的办学过程中先后开设过秘书、行政管理、人事管理、后勤管理、旅游管理、市场营销等专业，为交通行业和社会培养毕业生5000余人。现设有市场营销、公共事业管理、会展经济与管理、旅游管理、秘书等本专科专业，在校学生1200余人。
该系正围绕学校“辟径创业，跨越发展”的基本战略和“把学校建成特色鲜明的高水平大学”的中心任务，内抓管理，外求发展，努力追求一流工作水平，在教学、科研、学科建设、实践教学基地建设、学生管理等方面创造性地开展工作，逐步形成了自己的办学特色。
经济系
经济系于1999年11月开始筹建，2000年初成立，经过多年的建设发展，在教学、科研、管理等方面取得了较大的成绩，现开办金融学、财务管理、电子商务、审计学四个本科专业及财务会计、国际经济与贸易2个专科专业。
该系重视师资队伍建设，现有教职工40多名，其中具有副教授以上职称教师10名，博士3名，硕士25名，另有3人具有中国注册会计师资格，1人具有国际注册内部审计资格，1人具有律师资格，已形成了一支能力强、业务精，可以满足教学、科研需要的师资队伍。此外，还从校外聘任10多名著名学者教授专家担任兼职教授、客座教授。
该系认真落实教学的中心地位，按照“素能本位”要求，严格教学管理，大力开展以教学内容、教学方法、教学手段为重点的教学研究和教学改革活动。先后完成了“财会专业案例教学研究” 、“我院应用性金融人才培养的特色与途径研究” 、“优秀传统文化驱动型德育模式研究” 、“管理会计课程内容体系与教材建设研究” 等10多项教研教改课题并有多门课程被评为省级和校级精品课程。
为了提高教师科研水平，鼓励教师积极开展科研活动，该系在成立之初便制订了相关文件，鼓励教师申报科研课题，并以制度形式规定每年举办一次论文交流会活动。同时，本着“立足交通，面向社会”的原则，成立了相关的研究机构，开展会计、财务、金融、电子商务等方面的研究和咨询培训工作。自该系成立以来，先后承担了“交通高等教育投资效益研究”、“公路建设债务负担合理额度研究”、“交通基础设施建设项目审计研究”、“智力资本审计研究”、“价值链管理与价值链管理会计”、“物流企业战略成本管理研究” 等10余项省部级及校级课题研究，并获得多项奖励，其中“交通高等教育投资效益研究”获全国教育科学优秀成果二等奖。另外，全系教师还先后在各种省级以上学术期刊发表经济管理类论文200余篇，并有多篇被中国人民大学书报资料中心等全文转载或索引；出版《金融学》、《管理会计》、《财务管理》等教材10余部。
为培养适应市场经济需要的应用型专门人才的需要，该系高度重视实验室和实践教学基地建设，努力完善实验实习条件。该系现已建成会计综合实验室、金融实验室和电子商务实验室，并在青岛路桥建设集团有限公司、中国重型汽车集团有限公司等十几家大中型企业建立了校外实习基地或产学研合作教育基地，为培养高素质的应用型专业人才奠定了坚实基础。
经过多年努力，该系形成了鲜明的办学特色，培养的学生具有基础理论扎实、实践能力突出、工作作风稳健的特点，深受社会用人单位欢迎。
外语系
外语系现设有英语专业、日语专业和俄语专业。三个专业中分别设有语言文学、国际商务、旅游、计算机和工程英语方向, 并负责全校各院系大学公共外语的教学任务。
该系是一个充满朝气和活力集体，拥有一支较高学术水平、教学水平和结构合理的师资队伍。现有教师中教授4人、副教授12人；教师队伍中具有博士、硕士学位60人。曾在英语国家研修的访问学者6人，同时聘请6名美国、加拿大、俄罗斯、日本专家常年担任教学工作。
该系提出“以语言能力为载体，专业知识拓展为目标，文化导入为原则”的办学理念，构建语言＋专业方向培养模式，力求培养复合型、应用型和国际化外语人才。
近几年，该系出版专著、教材和辞书20部，发表论文200余篇，其中30余篇发表在核心期刊上；承担国家级和省级教育科研课题6项。获得省级以上奖励3项。现为高职高专英语教学指导委员会成员单位和山东省大学外语教学研究会副会长单位。
该系自建系以来为国家和社会培养了一批高素质复合型、应用型和国际化外语人才，他们已成为涉外经济领域的骨干力量。目前该系正在大力加强师资和学科建设，并以浓厚的学术氛围，和谐的工作环境加快发展步伐。
人文科学系
人文科学系（社会科学部）于2001年6月组建而成，设有法律、艺术设计、艺术基础、行政管理、马列、思政六个教研室，以及WTO与交通、法律援助中心。开设有法学、行政管理、艺术设计三个本科专业。
目前该系共有专职教师54人，正高级职称3人，副高级职称7人，讲师34人，初级职称10人。其中硕士以上37人、博士学位5人，有4人具有律师职业资格，1人具有仲裁员资格。该系办学的基本定位是：以两课教学和法学、行政管理、艺术设计本科专业建设为基础和主体，以重点学科和学士学位点建设为向导，四位一体，相互促进；凝聚全系力量，整合学术群体，提高师资水平，使学校哲学社会科学的教学与研究有新的突破，使法学、行政管理、艺术设计专业教学与研究迈上一个新台阶，努力创造学校人文社会科学研究新特色。
数理系
数理系前身是基础教学部，为适应学校的建设和发展，2005年5月改为数理系，目前设有二个专业，即信息与计算科学专业和应用物理学专业，信息与计算科学专业从2005年开始招生，应用物理学专业从2007年开始招生。该系一方面要完成专业建设任务之外，还要承担全校各专业的基础课和技术基础课的教学任务，包括高等数学、线性代数、概率与数理统计、运筹学、大学物理、大学物理实验、理论力学、材料力学等课程。
该系现有教师共计72人，其中教授4人，副教授16人，讲师以及其他中级职称42人，具有博士学历6人，博士在读5人，教师队伍中硕士以上学历教师占教师总数的94%。
该系现设有5个教研室，即高等数学教研室、应用数学教研室、信息与计算科学教研室、力学教研室、物理教研室。另外还设有力学实验中心、物理实验中心和数学实验室。
几年来，该系教师承担了多项国家级、省部级和校级科研课题，其中有多项学校自然科学基金和一项交通厅科研项目，另外还承担了多项教研课题，其中一项获得省级教学改革成果一等奖。在国内外学术期刊发表专业学术论文共计100余篇，其中有20多篇被SCI、EI、STP收录。
由该系组织参加的全国大学生数学建模竞赛活动，从2003年首次参加比赛以来多次获得省级一等奖、二等奖和三等奖奖项。
在学校向建设特色鲜明的高水平大学目标的迈进中，该系正在找准自己的发展方向，深化教学改革，提高教学质量，为人才培养打下坚实的基础，同时，加强基础学科建设，为学校其他学科的发展提供强有力的支撑。
海运学院
海运学院位于威海市环翠区新威路115号，占地面积76亩，教职工160人。现开设航海技术、轮机工程2个本科专业和航海技术、轮机工程技术、船舶制造与修理、计算机及应用等专科专业，在校生1900人。
学院办学条件优越，拥有先进的各类实验设施和设备，建有国内领先水平的大型航海模拟器、轮机模拟器实验室、ARPA雷达模拟训练系统、GMDSS实验室及操作系统等三十多个各类专业实验室。通过校企联合办学，学院在威海船厂、威海港务局设立实习基地和基本技能水上训练站，以提高学生的实操技能和综合动手能力。
学院现具备熟悉和基本安全培训、精通救生艇筏和救助艇培训、高级消防培训、精通急救培训、雷达观测与模拟培训、自动雷达标绘仪培训、GMDSS通用操作员培训等十余个培训资格。现为山东省海员培训中心。2003年学院获得甲类适任证书评估考试资格。自2005年起，学院组织并参加了全国海船船员甲类适任证书统一考试，在统考七门的全国航海类院校中，航海技术和轮机工程两个专业一次性通过率连续四年名列第一，为社会培养高级远洋船员铺设了坚实的基础。
学院现向社会开展船长、大副、轮机长、大管轮、三副、三管轮级别，社会丙类、丁类职务船员及小型船船员的评估考试工作。
学院坚持“以市场需求为导向，以服务社会为宗旨”，多层次多渠道地为社会培养输送了20000余名支持级、操作级船员及海运技术骨干、管理骨干，毕业生就业率达100%。在08年学院组织的供需见面会上，来自省内及全国各地的用人单位76家，毕业生与用人单位供需比例达到1：2.3。其中，本科生供需比例达到1：8，专科生(一批)达到1：6。毕业生供不应求，就业形势喜人。
北方国际学院
北方国际学院是经山东省教育厅批准的山东交通学院下设的二级学院。它始建于2002年，由山东交通学院与国内外教育机构合作办学，院址设在山东交通学院院内。
学院现与国外院校合作举办专科层次学历教育项目，其招生纳入学校年度招生计划统一管理。按照省教育厅下达的招生计划，面向全省招生。2005年，学院与澳大利亚最大的职业技术培训机构TAFE教育机构合作举办物流管理专业专科办学项目；2006年，学院与俄罗斯远东国立交通大学合作举办工程管理专业专科办学项目；2008年，学院与俄罗斯罗斯托夫国立建筑大学合作举办工程机械控制技术专业专科办学项目；项目招生批次为专科二批，学生毕业成绩合格，符合山东交通学院毕业条件颁发山东交通学院普通专科毕业证书；同时与俄罗斯远东国立交通大学合作举办“1+3”本科项目培训班，学生在山东交通学院学习俄语一年后赴俄罗斯留学。
学院在执行学校总体教学计划的基础上根据学院特点制定特色课程教学计划，同时将重点引进部分国外大学原版教材和核心课程，聘请国外教师，逐步实行双语教学。
学院现开设有物流管理、建筑工程管理、工程机械运用与维护三个中外合作办学专业，现有全日制在校生424人。
